на уровне государства — для рационального использования ресурсов для обеспечения здоровья населения страны;
при создании рекомендаций для фармацевтических производителей — для внедрения и реализации эффективных, безопасных лекарственных средств;
на местном уровне — для больниц, практикующих врачей;
больных — с целью обеспечения рациональной фармакотерапии.
Фармакоэкономика изучает в сравнительном плане соотношение между затратами и эффективностью, безопасностью, качеством жизни при альтернативных схемах лечения (профилактики) заболевания. При этом главная цель — определить медицинскую технологию с оптимальным коэффициентом «затраты - эффективность» или «затраты - польза» для рационального использования финансов здравоохранения и большего удовлетворения потребностей населения в фармакотерапии.